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魏公公甚是驚訝，他沒想到提出廢除天皇的竟然是日本儒學界這些人。
不過稍加思索也就明白了，莫說主張“融中親中”的日本儒學界，便是普通的日本人，對于京都那個天皇都談不上什麼敬畏與忠誠。
這是日本特定的歷史因素形成的。
武人開創的幕府雖然一直強調忠君，不過這個君乃是將軍，而非天皇。幕府之存在也是對天皇權威的最大蔑視。
更休提現在的日本皇室只有一小塊封地，因為沒錢，皇室都得派人在街上出售字畫來獲取微薄收入。
德川幕府建立之後，更是在財政上死死拿捏著京都皇室，在朝政上也是直接干涉，後水尾天皇與其說是天皇，倒不如說是傀儡。
日本人真正將天皇視作神一樣的存在，還得兩三百年後打倒幕府後的維新。
沒有神道教和****加持，天皇這個玩意，自然就不值錢，更不會成為日本讀書人心目中不可侵犯的存在。
正如魏公公一直表揚的，儒學不分國界，儒生們的思想覺悟就是高。
眾所周知，“尊皇攘夷”、“皇道樂土”一直是皇軍的宣傳口號，但這個宣傳口號在不定的時期內具有暫時性的模糊。
具體理解為，就是不同的人對這個“皇”有不同的理解，比如京都那個年輕的天皇陛下就對這兩個宣傳口號很感興趣。
菊機關在京都的密線就向大本營傳遞過京都方面想和皇明接觸的意思，但由于德川秀忠對京都的掌控比較嚴密，雙方無法正式見面會談。
並且，無論是京都方面，還是皇軍方面，都希望正式的會談能夠在京都會戰以後。
京都的控制權在誰手中，才能決定會談是否可以成功進行，並取得雙方共同滿意的效果。
基于種種現實，魏公公無意現在就向全日本宣告“皇”字一意的真正含義，因為時機尚不成熟。
因此，對于日本儒學界部分人士提出的廢除天皇，舉國融入大明，以大明之皇帝為日本之皇帝的激進想法，公公是予以認可，但提出了“三步走”方案。
所謂“三步走”方案的第一步，就是先行攻佔京都，將後水尾控制在皇軍手上，從而能夠利用後水尾影響到一些日本藩國，並徹底否定幕府存在之法理性。
這一階段，皇明及皇軍對年輕的天皇陛下是表示尊重的，並盡可能的保留京都朝廷。
第二步便是在控制京都後，上書大明皇帝陛下，冊封後水尾為日本國王，仿朝鮮例。
第三步則是皇軍在軍事、文化、經濟上能夠徹底融合日本時，進行日本國的正式內附。
第一步和第二步，公公稱為“明治時期”，即由大明對日本部分地區的實際統治時期。
這一時期，魏公公保守估計需要五到八年。
第三步，是謂“共榮時期”，又謂“長治時期”，即真正的東亞共榮時代。
“明治時期”，皇軍主要推行的除了漢語言教學及科舉制度外，就是加強對京都朝廷的控制，並對日本政體和制度進行大改革。
計劃中，將由魏公公本人和年輕的後水尾簽訂《明日議定書》，以確定京都朝廷和大明的正式關系。
這個方案在出台時遭到了近衛師團部分軍官的反對，如第一聯隊長真田一郎、第六聯隊長李炎昭。
李炎昭提交《解決日本問題的根本方策》文稿，認為皇明對日本之征討應當是全面的、徹底的，不留任何隱患的。
故皇軍應當不斷增兵日本，奪取京都之後立即進軍江戶，在控制日本這兩個政治中心後立即向其余藩國進軍，以皇軍不可戰勝的刺刀為皇明徹底解決百年倭患問題，同時亦拯救深陷幕府殘暴之統治日本人民。
該文稿中，李炎昭強烈建議大本營不能承認京都朝廷，並要求在京都會戰中盡一切條件實現對偽天皇之斬首。
理由就是天無二日，民無二主。
為了實現這一目標，近衛師團部分軍官已經開始瞞著大本營，策劃對京都的攻擊。
大本營方面出于對日本的全盤考慮，以及皇軍自身軍力投放的實際能力，對激進軍官的方案自是強烈反對。
“不擴大”是大本營目前對征日作戰的總綱領。
參謀長官蔣西鳳親自發文就李炎昭所提交的方案進行了質疑，並要求近衛師團整頓軍官思想，執行大本營既定作戰方案以及制定的對日佔領方案。
李炎昭的回文竟強硬的表示，第一軍絕難承服“京都偽政權之存在”。
近衛師團長曹文耀雖是虎將，但在御下這一塊過于仁義，顯得有些婆媽，老想做老好人，所以針對師團所屬各部的混亂意見，曹文耀竟然無法拍板而決，形成一個統一的思想，以致在會議時軍官們竟然能夠吵成一團。
官司便打到了魏公公這里。
為進一步闡明自己的意見，真田一郎、李炎昭聯名上報了《新日本建立方案大綱》，該大綱核心就是提出絕不能滿足于只建立親明政權，如果僅建立一個親明政權，便不能按帝國的意圖行事。
魏公公就這份大綱批示︰本來，將日本作為我帝國領土之一部，才是長策。但鑒于歷史的淵源，目前急于付諸實施，有可能遭到日本國民的的物議和反對，增加皇軍討伐作戰的辛苦，恐非賢明之舉。
隨後，魏公公下令訓斥真田一郎、李炎昭等人，用詞極其嚴厲。並指示葛三郎領導之菊機關立即進行對京都朝廷的“策反”行動。
在無法保證雙方會面的情況下，公公指示菊機關必須保證後水尾及皇室、京都朝廷能夠留在京都，不隨德川秀忠逃往江戶或其余地區。
日本儒學界秘密觀察團離開後，一月上旬，魏公公從整個戰局出發，認為同德川秀忠之幕府中央軍主力進行戰略會戰的時機已經成熟，命令大本營制定了第一軍北上攻擊京都、有喜支隊攻擊池田、三田一線、學文支隊攻擊草津，采取“關門打狗”戰法，務將幕府及近藩日軍關在京都附近，各個殲滅的作戰方針。
史稱“統一的大決戰”。